Все приведенные варианты правильны. Однако существуют некоторые стилистические ограничения на употребление слов женского рода. В официально-деловом стиле, когда речь идет о номенклатурном наименовании должности, рекомендуется сохранять форму мужского рода. Подробнее об этом можно прочитать в «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой, в параграфе «Род названий лиц женского пола по профессии, должности и т. д.».

Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова возможны оба варианта: ехать на машине и ехать в машине. Однако Д. Э. Розенталь при выборе предлога дает следующие рекомендации: предлог на обычно употребляется при названиях средств передвижения: ехать на машине, а употребление предлога в предполагает нахождение внутри предмета: сидел в машине.

Даже употребление творительного падежа не делает фразу грамматически безупречной. Увы, если в русском языке два глагола управляют разными падежами, то грамотно построить фразу можно, лишь прибегнув к повтору управляемого слова или к использованию местоимения. Но если вопрос ставится именно таким образом - какой падеж использовать, не перестраивая фразу, - то предпочтение следует отдать творительному падежу. 

При написании названий канонических книг Библии действуют такие правила. Если слово книга не является первым словом названия, оно пишется строчными: Первая книга Царств, Вторая книга Паралипоменон. Но как первое слово названия Книга пишется с прописной: Книга Судей, Книга пророка Исаии, Книга притчей Соломоновых.

Правильно: Послание к римлянам (также: Послание к колоссянам, Послание к филиппийцам и т. д.).

Д. Э. Розенталь в «Справочнике по правописанию и литературной правке» замечает, что при прошедшем времени глагола-сказуемого причастие настоящего времени указывает на постоянный признак, причастие прошедшего времени – на временный признак. Поэтому в данном случае предпочтительной следует считать форму прошедшего времени причастия: Автобус сбил школьника, переходившего дорогу на зеленый свет (= который переходил). Ср.: Автобус задел столб, стоящий у дороги (= который стоит).

В подобных случаях винительный падеж существительного указывает на определенный предмет, а родительный – на предмет неопределенный. Ср.: жду поезд Саратов – Москва (определенный, прибывающий в такое-то время по расписанию) – жду поезда (одного из поездов); чаще существительные конкретные при глаголе ждать и других подобных употребляются в форме винительного падежа.

Как Вы видите, рекомендации не строгие, возможны оба варианта управления.

Возможны оба варианта, но предпочтительно: не знает предмета. Общее правило: слова, зависящие от глагольной формы с отрицанием, могут стоять в форме как родительного, так и винительного падежа, если в зависимости от глагола без отрицания они употребляются в винительном падеже: знает предмет – не знает предмета / предмет. Но при глаголах восприятия мысли (в том числе знать) обычно употребляется родительный падеж.

Все варианты правильные. В современном литературном языке в количественном (партитивном) значении род. п. в письменной речи преобладает форма на -а (чашка чая). Но в разговорной речи часто употребляется флексия -у, особенно в глагольных конструкциях со значением неполного объекта (хочу чаю, добавить сахару и т. п.). Винительный падеж (хочу чай) также возможен, т. к. речь идет о конкретном объекте.