Постановка запятой в этом случае факультативна, окончательное решение принимает автор текста. А вот если придаточная часть состоит из одного только союзного слова, запятая не ставится: В комнате пахло чем-то странным, но он не мог понять чем.

Постановка запятой после тебе зависит от интонации и значения второго всего. Если оно употребляется как повтор, запятая нужна (ср.: Любви тебе, любви! Счастья тебе, счастья!). Если оно замещает слова самого лучшего (и т. п.), запятая не нужна.

Если первое предложение приведено полностью (или полностью приведена его предикативная часть), то в нем слово эллины - это именная часть сказуемого (т. е. наемники - это эллины) и требуется постановка тире. Во втором предложении эллины - приложение.

Запятая перед и необходима, этот союз здесь присоединительный (= «и притом»). Что касается тире во второй, неполной части, то его постановка факультативна и зависит от того, делается ли пауза на месте пропуска грамматической основы она упоминается.

Запятая в данном случае факультативна. Ее отсутствие будет означать, что прилагательное глухой употреблено здесь в значении 'густо, сплошь заросший', тогда как постановка запятой укажет на однородность определений глухой и загадочный (темный, непроницаемый, отчего кажется загадочным).

Выделение уточняющего несогласованного определения с помощью тире допустимо. Во втором предложении предпочтительна постановка двоеточия, так как вторая часть бессоюзной конструкции поясняет то, о чем говорится в первой части; однако в данном случае возможна замена двоеточия на тире.

Во-первых, никаких «новых правил» не существует: официально действующими по-прежнему являются «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года. Во-вторых, постановка запятой после слов с уважением обусловлена исключительно письменной традицией: запятую здесь принято ставить, хотя никаких пунктуационных оснований для этого нет.

Можем предположить, что авторы «Правил» использовали предлог на, поскольку правила регулируют поведение не только внутри транспортных средств (в этом случае нужно было использовать предлог в), но и на связанных с транспортом объектах: остановках, переходах и т. п.

Обособление таких оборотов вариативно.  См. об этом ответ на вопрос № 282603. Но в данном случае запятая не нужна, т. к. ее постановка создаст двусмысленность. Будет непонятно, к какому слову относится оборот как море – к слову огромный или к слову раскинулась.

Постановка знака зависит от смысла. Если до этого уже разрабатывались биологически активные пептиды (были старые, а теперь разработаны новые), запятая не нужна. Если же новизна именно в том, что были разработаны биологически активные пептиды («новые, а именно биологически активные»), запятая нужна.