Нумерация склонений не имеет принципального значения. Но традиционно в школе к первому склонению относятся слова типа папа, мама, дядя, земля, т. е. слова мужского и женского рода с окончаниями -а, -я; ко второму склонению – слова мужского рода с нулевым окончанием и слова среднего рода с  окончаниями -о, -е, -ё (конь, нож, дерево, чудовище, ружьё). По академической же классификации – все наоборот: слова типа конь, нож, дерево, чудовище, ружьё считают первым склонением, слова папа, мама, дядя, земля – вторым. Вас учили по академической грамматике.

Согласование – по слову общество: ООО «Строительная компания "Клевер"» работало...

Рекомендаций для подобных случаев в справочниках по правописанию пока нет. Из предложенных Вами вариантов лучше второй. Он выглядит диковинно, но не искажает названия, как в первом варианте. Однако более предпочтительным представляется написание без знака препинания: А ты «Мертвые души» то читал?  Когда приставка или часть сложного слова, требующая слитного написания, присоединяется к словосочетанию, она пишется раздельно. Ср.: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Гог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области. Это правило можно распространить и на написание постфикса то, присоединяемого к словосочетанию. 

Спасибо за очень интересный вопрос. Мы передадим его в Орфографическую комиссию РАН.

Мы дали конкретный ответ: запятая ставится. В вопросе содержалось и слово «почему?», поэтому приведено правило.

Кстати сказать, обычно посетители «Справочного бюро» выражают недовольство, когда мы просто отвечаем «да» или «нет», не приводя правило. Вы первый читатель, сетующий на излишнюю полноту ответа.

Первый и третий из предложенных вариантов постановки знаков препинания корректны. Они различаются синтаксической структурой. Соответственно, в них по-разному расставлены акценты: 1) Тимур, довольно открытый человек, излучает позитивный настрой, интересуется производством; 2) Тимур довольно открытый человек: излучает позитивный настрой, интересуется производством. В первом случае предложение простое: подлежащее — Тимур, сказуемые — излучает и интересуется; довольно открытый человек — приложение поясняющего характера, попутное замечание, не несущее на себе логического ударения. Во втором случае две грамматические основы: 1) подлежащее — Тимур, сказуемое — открытый человек, 2) (Тимур) излучает, интересуется; сочетание довольно открытый человек представляет собой группу сказуемого и несет на себе логическое ударение.

Грамматически все верно. Исключение может быть сделано по просьбе носителя фамилии.