В сочетании г. Пермь Пермской области зависимые слова Пермской области, грамматически связанные с существительным Пермь, играют при нем роль несогласованного определения, называющего постоянный признак (см. параграф 53 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина и приведенный в нем пример табуретки с золочеными ножками).

Во втором приведенном Вами случае сочетание Пермская область грамматически не связано со словом Пермь, оно несет в себе дополнительную информацию, а потому его уместно оформить как вставку в скобках: г. Пермь (Пермская область).

Значение слова описывается в толковых словарях. Приведем словарную статью из «Толкового словаря русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой. 

ИНДУЛЬГЕ'НЦИЯ, -и, ж. У католиков: отпущение грехов, а также грамота о таком отпущении, выдаваемая за особую плату церковью от имени папы римского. Выдать, дать индульгенцию кому-н. (также перен.: дать разрешение на какие-н. действия, поступки; книжн.). Получить индульгенцию (также перен.: получить разрешение на какие-н. действия, поступки; книжн.).

Энциклопедическую информацию об индульгенции можно получить на сайте «Большой российской энциклопедии».

Запятая не ставится.

Ср.:

Большой толковый словарь русского языка

ИЗБЫТОК, -тка; м. 1. То, что превышает потребность в чём-л.; излишек. И. хлеба. И. кирпича. И. солнца. И. влаги. В избытке, с избытком (в большом количестве). Почва, луга, в избытке насыщенные весенней водой. Хлеба осталось с избытком. 2. Обилие, полнота, множество. И. сил, чувств, счастья, горя. // Устар. Достаток, богатство. Лучше быть в избытке, чем терпеть недостаток.

ПЕРЕИЗБЫТОК, -тка; м. Разг. Чрезмерный избыток чего-л. П. топлива. П. информации. В нём чувствуется п. сил и здоровья. П. молодых сил. П. чувств.

В каждом конкретном случае нужно выбирать тот способ записи, который позволит легко найти нужный пункт в источнике. Но для обозначения подпунктов ПДД этот выбор оказывается непростым, потому что в интернет-публикациях правил используются разные способы записи, например: 9.1¹, 9.1(1), 9.1.1. На наш взгляд, предпочтительна запись 9.1¹ (именно так обозначены подпункты в ПДД на Официальном интернет-портале правовой информации). Если нет технической возможности вставить в текст надстрочный элемент (¹), то можно использовать два других способа (9.1(1) или 9.1.1). Запись 9.1 1 неудачна: она может быть воспринята как 9.11. 

Это неправильные формы. Правильные формы: мельче, помельче (употребляется в разг. речи). Прилагательные с основой на заднеязычный согласный и некоторые непроизводные прилагательные с основой на -т, -д образуют формы простой сравнительной степени исключительно с помощью суффикса -е, при этом формообразование сопровождается чередованием конечного согласного или сочетания -ст с шипящими, напр.: легк-ий – легч-е, дорог-ой – дорож-е, тих-ий – тиш-е, тверд-ый – тверж-е, чист-ый – чищ-е, прост-ой – прощ-е и др.

«Викисловарь» не является надежным источником лингвистической информации, так как данный ресурс не создается специалистами по языкознанию, он свободно пополняется всеми желающими внести туда дополнения.

Сочетания типа по теореме X являются скорее обстоятельством причины (≈ «поскольку такова теорема Х»), нежели ссылкой на источник информации; теорема может быть приведена в разных источниках, созданных разными авторами. Конструкции вроде по словам учёных или по расчётам кого-то заключают в себе субъективность, то есть высказывание основано на мнении, данных или расчётах, которые могут быть подвержены изменению интерпретации или оценке. Такая субъективность характерна для вводных конструкций. 

При этом сочетания типа по теореме Х могут быть выделены запятыми, как и любые другие обстоятельства, для попутного пояснения или смыслового выделения. 

В предложении с прямой речью, которая стоит после авторских слов и заканчивается восклицательным или вопросительным знаком, точка в конце не ставится.

Фамилию нужно склонять, и это никак не связано с несклоняемостью слова кофе в русском языке. 

Алексей, "подобным" мы не занимаемся.