Ваши доводы представляются вполне логичными, уместно написание Тетрадь смерти (если речь идет о конкретном магическом предмете). Но и написание строчными вполне возможно, раз такой предмет в мире этого произведения не является уникальным.

Общее правило таково: в названиях произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена, напр.: Ленинградская симфония Шостаковича, Лунная соната Бетховена. На основании этого же правила с прописной буквы пишется Реквием как первое слово названия музыкального произведения – Реквием Моцарта, Реквием Верди (т. е. Реквием здесь – собственное наименование).

Однако к этому правилу есть примечание: начальное родовое наименование в подобных названиях пишется со строчной буквы: полонез Огинского (ср.: памятник Пушкину, собор Святого Петра). Т. е. полонез здесь – родовое название произведения, а не собственное наименование.

Приведенные Вами родовые слова избыточны, достаточно указать названия произведений. И советуем эти названия проверить: полагаем, что они не точны. Понаблюдать, как употребляются названия произведений древнерусской литературы в научных текстах, можно, обратившись к материалам ресурса «Фундаментальная электронная библиотека "Русская литература и фольклор"», например к труду «История русской литературы».

Написание сложносокращенных названий, типа Внешэкономбанк, зависит от того, государственную или коммерческую организацию называет данное слово. Не заключаются в кавычки названия государственных учреждений. Соответственно, если Транскапиталбанк – это госучреждение, то кавычки не ставятся, если же коммерческая организация, то кавычки нужны.

Другие приведенные Вами названия не являются сложносокращенными, поэтому на них данное правило не распространяется. Они заключаются в кавычки, если представляют собой условные наименования. Подробнее об этом можно прочитать в «Письмовнике». Заключать в кавычки приведенные названия банков нужно только при указании организационно-правовой формы:  Московский индустриальный банк, но ООО  «Московский индустриальный банк».

Запятые стоят правильно.

Запятая не нужна.

Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.

В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда». 

Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов  в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.