В слове понять корень с чередованием я/им, ср.: понятый, понятный, понимать, понимание. Исторически по- является приставкой, при более этимологичном подходе к морфемному членению ее выделяют и сегодня, сопоставляя слова понять, понимать и унять, унимать, внять, внимать.

Для корней с чередованием а(я)/им/ем и а(я)/ин в орфографии есть правило. Его можно прочитать, например, в справочнике ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря». Там же можно найти множество слов с той же орфограммой. 

Варианты окончания творительного падежа мн. числа -ами (-ями) / -(ь)ми в древности принадлежали разным типам склонения имен существительных. Однако после унификации склонения существительных во множественном числе для всех слов нормативным стало окончание -ами (-ями). И лишь у нескольких слов в современном русском языке возможно окончание -(ь)ми. У слова дети форма детьми единственно возможная. В парах дверями — дверьми, лошадями — лошадьми, дочерями — дочерьми возможны оба варианта, причем более употребительно окончание -(ь)ми. У слова звери предпочтительным считается форма зверями; вариант зверьми рассматривается как устаревающий. Кроме этого, у слов кость и плеть при нормативных формах костями, плетями формы на -(ь)ми сохраняются в устойчивых сочетаниях лечь костьми, бить плетьми.

Такой формат написания даты не является общепринятым.

Такое употребление не противоречит правилам русского языка. Обратите внимание, что корректнее писать: с 10 до 18 часов или с 10:00 до 18:00.

Правильно: ...направляем заверенную копию Дополнительного соглашения от 00.00.0000 № 1 к Договору от 00.00.0000 № 2, заключенному с ООО "АБВ"...

Во всех случаях: [аhа].

Предпочтительно написание 5%-й, 5%-го, 5%-му.

1. См. в «Письмовнике». 2. Если есть противопоставление (не плохо, а хорошо) или если противопоставление подразумевается, следует писать раздельно. Если противопоставления нет, верно слитное написание.