Сочетание вместе с тем не вводное, запятая после него не ставится: Вместе с тем если должник знал, что владелец ценной бумаги не является надлежащим обладателем права на ценную бумагу, он обязан возместить убытки, причинённые правообладателю.
Запятую не следует убирать. Ваше предложение не относится к правилу об отсутствии запятой после присоединительного союза, так как вводное слово стоит после подчинительного союза. Подробнее о пунктуации при сочетании как(,) например см. в «Справочнике по пунктуации».
Сочетание в идеале приведено в «Словаре вводных слов, сочетаний и предложений» О. А. Остроумовой и О. Д. Фрамполь (М., 2009) с характеристикой «потенциально вводное» (с. 44). Пока его не следует выделять запятыми.
Вы совершенно правы, вводное слово образует с обособленным оборотом единое целое и не отделяется от него знаком препинания (см. параграф 93 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Несогласованное определение на башкирском языке, сопровождаемое вводным словом конечно, образует присоединительную конструкцию, которую нужно обособить. Вводное слово в начале обособленного оборота не отделяется от него запятой: После традиционных приветствий, конечно на башкирском языке, старшина спросил его...
Географическое название, употребленное с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река и др., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование.
Правильно: в городе Москве, в городе Санкт-Петербурге, из города Киева; в деревню Ивановку, из деревни Ольховки, в селе Шушенском, под хутором Михайловским; у реки Волги, долина ручья Сухого.
Склоняются обе части в наименовании Москва-река: Москвы-реки, на Москве-реке и т. д. В разговорной речи встречаются случаи несклоняемости первой части: за Москва-рекой, на Москва-реке и т. д. Но такое употребление не соответствует строгой литературной норме.
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются в следующих случаях:
- когда внешняя форма названия соответствует форме мн. числа: в городе Великие Луки, в городе Мытищи;
- когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают: на реке Енисей, у реки Хопёр, в деревне Парфёнок (однако это замечание не относится к сочетаниям со словом город, поэтому правильно: в городе Туле, из города Москвы.
Кроме того, обнаруживают тенденцию к несклоняемости приложения-топонимы среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о: между селами Молодечно и Дорожно, в городе Видное (это название не склоняется, т. к. при склонении сложно будет восстановить исходную форму: в городе Видном – это город Видный или город Видное?).
По данным нашей системы — вводное сочетание, заключающее в себе указание на источник сообщения. См. пункт г) примечания 1 к параграфу 91 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Чтобы решить, нуждается ли сочетание в самом деле в обособлении, нужен более широкий контекст: оно является вводным, если с его помощью автор подтверждает что-либо, признает справедливость предшествующего высказывания. В значении 'в действительности' это сочетание не вводное.
Вводное сочетание с другой стороны, указывающее на порядок изложения мыслей, выделяется запятыми: Он был единственным в городе, кто стремился к каким-то знаниям, прогрессу, хотя, с другой стороны, у него не было достаточно сильного характера и некоторых качеств, необходимых...
