Предлог на используется в сочетании со словом тема: вариация на тему. Ваш пример не кажется удачным.
Повторить предлог нужно.
Форма на корню имеет более узкое значение: на корню, в зн. нареч. В самом начале, в зародыше. Пресечь на корню какое-л. дело.
Правило гласит, что, если придаточная часть усечена до одного союзного слова, запятая перед ней не ставится. Д. Э. Розенталь, однако, замечает, что «в условиях контекста возможна постановка запятой и перед одиночным союзным словом». Судя по иллюстративным примерам, это происходит в случаях, когда союзное слово требуется логически подчеркнуть, «отталкиваясь» от имеющегося в контексте местоименного слова типа что или что-то, сравним: Что же надо делать? Научите, что; Одно время он что-то шептал, не могли понять — что? (А. Т.). Ваш пример аналогичен приведенным: Ксения понимала, что он на что-то намекал, но непонятно, на что.
Спасибо, мы передадим Ваше замечание составителям словаря.
Тренажеры ГИА есть на "Яндексе".
См. в Словаре трудностей.
О слове контроль см. в «Словаре трудностей».
Корректно: контроль за исполнением.
