Это не перечисление двух глаголов, а составное глагольное сказуемое. Вид смыслового инфинитива в общем случае не влияет на прочтение частновидового значения связочного глагола (отказывалась). Влияет более широкий контекст. Если, допустим, в суде спрашивают, имел ли место факт отказа потерпевшей от предложения выйти замуж, то не имеет значения, какой глагол из видовой пары выходить/выйти будет использован:

Она отказывалась выходить за него замуж (или нет)?

Она отказывалась выйти за него замуж (или нет)?

В обоих случаях имеем общефактическое значение НСВ: суду важно выяснить, каковы были мотивы преступного деяния, совершенного в отношении потерпевшей, и, если имел место факт отказа, возникает версия такого мотива.

В свою очередь — это грамматический фразеологизм. О них писали А. Баранов и Д. Добровольский в книге «Основы фразеологии». Грамматические фразеологизмы — это неоднословные выражения, которые с содержательной точки зрения характеризуются идиоматичностью значения (т. е. их план содержания не вычисляется по регулярным правилам) и которые связаны с нерегулярным выражением грамматических (в том числе модальных) смыслов и/или представляют собой сочетания различных служебных слов.

Такие фразеологизмы могут выполнять метатекстовые функции, вводить примеры и т. п. То есть роль члена предложения в данном случае — не критерий фразеологичности. Так же устроены тем не менее, по меньшей мере, чуть что, в том числе.

Это предложение представляет собой результат отрицательной модификации утвердительного предложения С языком человек есть (существует). В нем подлежащее человек (И. п.). В отрицательной модификации предложения с такими глаголами (бытийными, т. е. сообщающими о бытии, существовании кого-л. или чего-л.) превращаются в безличные, а подлежащее принимает форму Р. п. и, таким образом, перестает отвечать определению подлежащего. Можно говорить, что это «разжалованное» подлежащее. С точки зрения формальной школьной грамматики от грамматической основы в этом случае остается только (не) было бы. С точки зрения не столь формальной грамматики в отрицательной модификации предложения каноническое подлежащее становится неканоническим, но все-таки подлежащим.

Мы согласны с Вами: здесь возможны оба варианта. Запятая нужна, если фраза интонационно разбивается на две части.

Корректно сочетание: по его окончании. По окончании не предлог, а сочетание предлога с существительным. Предлог по употребляется с предложным падежом существительного при указании действия, события, после которого что-нибудь совершается.

Начнем с основы слова философия. Правильнее всего сказать, что основа философиj, ведь буква я обозначает два звука: [ja], из них только второй является окончанием, а первый принадлежит основе. Но упрощенно можно сказать, что основа в этом слове философи- , а окончание – -я.

Что касается корня, то здесь возможны варианты. Можно выделить два корня, как это сделано в словаре Тихонова: мы хорошо знаем о существовании греческих слов phileo 'люблю' и sophia 'мудрость'. Те же греческие корни в словах филология, филофония; теософия, антропософия. Но можно найти аргументы и в пользу выделения корня философ-: в русском языке это слово не было собрано из двух греческих корней, мы получили его в таком виде из немецкого языка, т. е. в русском языке это слово непроизводно.

В данном случае кавычки вполне уместны.

См. в http://www.evartist.narod.ru/text1/65.htm#з_03 [справочнике Д. Э. Розенталя], параграф 193.

Запятая не ставится, поскольку части сложного предложения, соединенные сочинительным союзом И, имеют общие слова (так как) и общую главную часть предложения.

Пожалуйста, обратитесь к соответствующей статье в «Письмовнике».