В Вашем предложении буквенные наращения при цифрах писать не нужно. Они необходимы, если при цифрах отсутствуют название месяца и слово год. При произнесении корректны те окончания, которые отражены в Вашем первом варианте. 

Название компании Microsoft в современных текстах обычно пишут латиницей, кавычки при этом не ставятся; при написании кириллицей верный вариант: компания «Майкрософт».

Абзацы – элементы перечня в Вашем вопросе лучше обозначать не цифрой с точкой, а цифрой с закрывающей скобкой, т. к. элементы перечня невелики по объему. В остальном все корректно.

В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

В данном случае нужно решить вопрос, уместно ли употребление многоточия — знака конца предложения — в середине предложения. Вот что сказано об этом в параграфе 8 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина:

«Внутри предложения многоточие ставится в следующих случаях (обычно в художественных текстах):
а) для передачи прерывистого характера речи:
– Ты талантливый… А талант, это… не как у всех… (Б. Паст.); – Елена… ты не бойся… иди туда… (Булг.);
– Я не смею назвать себя писательницей, но… все-таки и моя капля меда есть в улье… Я напечатала разновременно три детских рассказа, – вы не читали, конечно… много переводила и… и мой покойный брат работал в «Деле» (Ч.);
– Жить бы да жить вам, молодым… а вас… как этих… угорелых по свету носит, места себе не можете найти (Шукш.);
б) для передачи затрудненности речи:
– Дала бы девке образование закончить хоре… хоре… – не с первого раза, с раскачки берет мудреное слово дед, – хо-ре-ог-ра-фи-чес-кое (Аст.).
Многоточие внутри предложения может указывать на несовместимость значений слов, на необычность, алогичность их сочетания: Клад… под общежитием (газ.); Аэростат… в сумочке (газ.); Награда… до старта (газ.); Купаются… на берегу (газ.)».

Эти пункты не применимы к Вашему примеру. Здесь уместно оформление высказываний как самостоятельных предложений: Нормы, рамки, правила, ограничения... Это всё не для меня.

Дело в том, что языковая норма меняется и не всегда легко уловить тот момент, когда еще вчера считавшееся новым сделалось нормативным, а всегда считавшееся единственно верным вдруг стало оцениваться как устаревающее. С нормами ударения это наиболее заметно. 

В частности, лингвисты давно наблюдают за колебаниями ударения у глаголов на -ировать, которые освоены русским языком сравнительно недавно (в середине ХХ века их насчитывалось едва ли 5 сотен). Изначально ударение у таких глаголов падало на последний гласный суффикса (-ирова́ть), но достаточно быстро стало смещаться к середине слова. Например, в изданном в 1909 году словаре В. Долопчева "Опыт словаря неправильностей в русской разговорной речи" оценивалось ка сугубо ошибочное произношение слов блоки́ровать, вальси́ровать, форси́ровать и других. Процесс передвижки ударения у глаголов на -ировать с последнего гласного суффикса (-ирова́ть) на первый (-ировать) (а у образованных от них причастий с -иро́ванный на -и́рованный) продолжается и сегодня. У отдельных глаголов этого типа место ударения стало показателем их значения в современном русском языке, например: бронирова́ть (более старое) – 'покрывать броней' (брониро́ванный) и брони́ровать – 'закреплять что-либо за кем-либо' (брони́рованный). Так, Русский орфографический словарь отмечает, что в значении прилагательного нормативна форма газиро́ванный, а в значении причастия – газиро́ванный и гази́рованный. 

Можно заключить, что молодая норма постепенно вытесняет старую, однако для некоторых слов не все составители словарей готовы признать этот процесс уже завершившимся. 

Вы правы: ставить эти запятые нет оснований. Корректная пунктуация: Рыцари Ордо Фавинус, Алиса и даже тот путешественник с окружающей его аурой космических глубин — все они очень дороги Альбедо, но учитель занимает в его сердце особенное место.

1. В подобных примерах разговорной речи частица что, как правило, обособляется: Вам, что, делать нечего?  2. Правильно слитное написание.

Многоточие (как интонационный знак) уместно именно перед скобками.