Пунктуационное оформление корректно.

Для того чтобы понять, обособляются ли слова в свою очередь, требуется более широкий контекст. Пожалуйста, воспользуйтесь "Справочником по пунктуации".

Верно: остается неясным.

Принципиальной разницы нет.

В этом предложении нет грамматических ошибок.

Вот что пишет Е. А. Литневская: "Все виды формообразующих морфем (окончание, формообразующий суффикс) не входят в основу слова. Основа — это обязательный элемент морфемной структуры слова, выражающий лексическое значение слова. Формообразующие же морфемы, выражая грамматические значения, не изменяют лексического значения слова".

При этом мы считаем, что нельзя дать однозначный ответ на вопрос, входят ли суффиксы превосходной степени прилагательных в основу слова или нет, поскольку такие суффиксы выражают значение, которое можно считать как грамматическим, так и лексическим (степень выраженности признака).

Постараемся ответить подробнее. Варианты завкафедрой, замдекана, завбиблиотекой орфографически правильны. Первые части сложных слов зав..., зам... пишутся слитно. Однако такие формы более характерны для устной речи и не всегда могут быть уместны на письме (например, вряд ли возможно в подписи к официальному документу: завбиблиотекой). Полные же варианты заведующий библиотекой, заместитель декана являются стилистически нейтральными и применяются как в устной, так и в письменной речи. От них и образуются сокращения зав. библиотекой, зам. декана, являющиеся нормативными и общеупотребительными.

Говорить о правильности с точки зрения русского языка не приходится, поскольку такого  способа образования названий в русском языке нет, это ярко выраженный англицизм, ср.: Royal Group, Rover Group. Нет в русском языке и самого слова груп (групп): это не производное от группа, а калька с английского group. Добавим, что такое название неизбежно будет перекликаться с вполне русским словосочетанием Иванов груб (ибо груб произносится как [груп]) и вряд ли вызовет положительные ассоциации. Так что яхту лучше назвать по-другому.

Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».