Вы правы, правило часто формулируется так, что под него нельзя подвести слова с двумя приставками типа подызносить. Однако академические правила (то есть наиболее полные, детальные) учитывают данные слова. См. Полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина, § 12, п. 2.

Если вторая часть бессоюзной конструкции поясняет то, о чем говорится в первой части, необходимо поставить двоеточие, однако и тире не будет ошибкой (см. параграф 129 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина и примечание 2 к этому параграфу).

Действительно, сочетание в День России является пояснением по отношению к сочетанию 12 июня. Именно поэтому его нужно выделить запятыми, как указано в справочниках, например в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

В сочетании белок кератин никакие знаки не нужны. Это два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов (см. пункт 2а параграфа 122 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

В таких названиях склоняются обе части, пишущиеся через тире: заместителю генерального директора — главному инженеру. Сравним пример из параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: обратиться к директору — художественному руководителю.

В этом предложении пишется частица ни, так как это придаточние уступительное предложение с союзным словом — в данном случае какой. См. пункт 2б параграфа 78 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Варианты Ах! Как хорошо! и Ах, как хорошо! в равной степени корректны. Вариант Ах! как хорошо! не соответсвует современной пунктуационной норме (см. примечание к параграфу 5 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Уточняющее определение отделяется запятой от уточняемого, но не от определяемого слова (см. параграф 41 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Республика Бурятия среди исследуемых регионов, согласно показателям, занимает предпоследнее, третье место.

Такие обстоятельственные обороты не требуют обособления, однако в середине предложения могут быть выделены запятыми или тире для попутного пояснения или смыслового выделения. См. параграф 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Тире поставлено на месте пропущенного сказуемого выделяются (это тире в неполном предложении), запятыми выделен присоединительный оборот, заключающий в себе добавочные, сообщаемые попутно сведения (см. параграф 85 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).