При «встрече» сочинительного союза и подчинительного (или союзного слова) запятая между ними ставится или не ставится в зависимости от некоторых условий. Основанием для непостановки запятой служит то обстоятельство, что вторую придаточную часть нельзя без ущерба для смысла изъять из текста или переставить в другое место — в конец сложноподчиненного предложения. Так, запятая, как правило, не ставится после противительного союза а, даже если дальше не следует вторая часть двойного союза то, поскольку ни изъятие, ни перестановка придаточной части невозможны без перестройки главной части: Печально поглядывал он по сторонам, и ему становилось невыносимо жаль и небо, и землю, и лес, а когда самая высокая нотка свирели пронеслась протяжно в воздухе и задрожала, как голос плачущего человека, ему стало чрезвычайно горько и обидно на непорядок, который заменился в природе (Ч.). О союзе но в этом правиле не упоминается, и, на наш взгляд, в предложениях с таким союзом изъятие или перестановка придаточной части вполне возможны, поэтому запятая должна быть поставлена: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но, что бы он ни думал, я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе (ср.: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе, что бы он ни думал). В интересующем Вас предложении запятая нужна: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий, мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты (ср.: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий). 

В словарях: сращённый. Спасибо за комментарий к ответам!

Здесь: аргументированно (наречие). Не нужна запятая после этого слова.

Вообще говоря, прописная буква внутри слова - это нарушение правил орфографии.

Можно найти аргументы в пользу обеих позиций. В таких случаях решение о постановке запятой принимает автор текста.

Да, так говорить можно. Словари русского языка фиксируют у слова родной значение 'дорогой, милый' (в обращении). Это форма ласкового, нежного обращения к близкому, дорогому человеку (не обязательно родственнику).

Согласно словарям русского языка (см., напр., «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова), мачеха – жена отца по отношению к его детям от предыдущего брака. Пасынок – неродной сын одного из супругов (приходящийся родным другому). Других компонентов (таких как «совместное проживание» и пр.) в значениях этих слов нет.

1. Оба варианта правильны. Первый предпочтительнее, т. к. нет повторения слова день. 

2. Корректно слитное написание: облаков немного, т. к. можно заменить синонимом без не («мало»). Но при подчеркивании отрицания возможно раздельное написание.

Это зависит исключительно от того, что требуется в задании.

В этом случае слово действительно может быть вводным, но необязательно. Решение принимает автор текста, ориентируясь на смысл, который он вкладывает в предложение, и интонацию.