Стигматы (греч. "клеймо, укол, рубец, знак, пятно") — покраснения на коже, кровавые подтеки, язвы, непроизвольно возникающие на телах искренне верующих людей в тех местах, где, согласно Библии, у распятого Иисуса Христа находились раны от тернового венца и гвоздей.

Все верно. Запятая между союзом а и вводным сочетанием чаще не ставится, и в Вашем предложении она тоже не нужна. Подробнее об обособлении вводных слов, стоящих после союза, можно прочитать в «Справочнике по пунктуации» (см. раздел 3).

Слово Мавретания тоже существует. В истории Древнего мира это название области на северо-западе Африки (западная часть территории современного Алжира и восточная часть территории современного Марокко). В словарях есть и Мавретания (исторический термин), и Мавритания (современное государство в Африке).

В любом случае при таком употреблении возникает двусмысленность (Вы сами об этом говорите). "Можно" и "нельзя употреблять" - здесь не совсем правильные слова. Если Вы заботитесь о читателе, то Вы постараетесь сделать прочтение текста боле или менее однозначным.

В слове завладение тоже два суффикса: -е- и -ниj-. Это существительное образовано с помощью суффикса -ниj- от глагола завладеть; -е- – суффикс глагольной основы. А в существительном сложение один суффикс: оно образовано от глагола сложить с помощью суффикса -ениj-.

Вспомните об исключениях: гнать, держать, дышать, зависеть... Все приставочные образования от этих глаголов тоже являются исключениями. Держать входит в число исключений, в  личных окончаниях пишется И (держит), поэтому тот же гласный пишется и в личных окончаниях глагола содержать.

Во втором случае слово ведь явно играет роль союза, связывающего части сложного предложения. В первом случае оно, возможно, тоже выполняет функцию союза (вообще говоря, союз может связывать предложения в составе текста), но для точного ответа не хватает предшествующего контекста. 

Верно написание со строчной: Было принято решение созвать церковный собор. Слово собор в значении 'собрание высшего христианского духовенства' всегда пишется со строчной буквы, словосочетание церковный собор не является названием уникального мероприятия и тоже пишется со строчной буквы.

Названия, написанные латиницей, кавычками не выделяются. Использование прописных букв тоже служит достаточным средством выделения и кавычек не требует. В случае написания кириллицей названия серии с первой прописной буквы следует использовать кавычки: серия «Баба», серия «Баня».