В существительном ложка не выделяется суффикс -к-, потому что это слово не образовано ни от какого другого слова современного русского языка с помощью суффикса -к-. То же касается слов кружка, шишка: они не образованы ни от каких других слов с помощью суффикса -к-. Во всех этих слова -к- – часть корня.

В существительном кошка выделяется суффикс -к-, потому что это слово образовано от слова кот с помощью данного суффикса (происходит чередование т//ш).

Словообразовательная логика (соотнесение с глаголами запирать - запереть) вполне понятна. Другой вопрос - актуальное (синхроническое) морфемное членение (и здесь мы можем сослаться на Морфемно-орфографический словарь А. Н. Тихонова). 

В младшей школе анализ структуры слова ограничивается выделением узнаваемых морфем (минимальных значимых частей слова). Это умение остается актуальным на всех этапах обучения русскому языку, поскольку орфографические правила в основном опираются на морфемный (морфологический) принцип.

В средней школе представление о типах анализа структуры слова расширяется за счет словообразовательного анализа. Задачей словообразовательного анализа является установление отношений производности между словами в современном русском языке. Словообразовательное членение основывается на наличии/отсутствии живых смысловых связей между словами. В соответствии со словообразовательной теорией А. Н. Тихонова смысловые связи между глаголами вершить и совершить (свершить) в современном языке утрачены, оба слова являются непроизводными — следовательно, приставка со- (с-) не выделяется. Между глаголами вершить и завершить связи сохраняются, поэтому приставка за- выделяется.

Членение, представленное в словообразовательных словарях, может отличаться от собственно морфемного. Поэтому в младшей школе не рекомендуется пользоваться словообразовательными словарями для средней школы, в которых отражено членение, соответствующее современным концепциям синхронического словообразовательного анализа.

Словообразовательный анализ может быть введен в младшей школе в качестве дополнительного материала. В этом случае рекомендуется использовать слова, в которых словообразовательные и морфемные границы совпадают, а производящая основа не подвергается модификации.

Надежными источниками при морфемном анализе являются «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой и материалы «Русской грамматики» (1980 г.).

В «Словаре морфем…» дается следующее членение: со-верш-и-ть, с-верш-и-ть, за-верш-и-ть.

Строгих правил образования уменьшительных имен нет. Собственно говоря, уменьшительные (семейные, домашние) имена могут быть любыми: Борис - Боря, Боба и т. д. Илюша - просто наиболее распространенный "домашний" вариант имени Илья. Это совсем не значит, что нельзя образовать вариант Ильюшка.