Дело в том, что исконно славянские языки не знали личного местоимения 3-го лица, однако еще до возникновения письменности его роль стало выполнять указательное местоимение и (муж. род), я (жен. род), е (средн. род), выступавшее обычно в сложении с частицей же: иже, яже, еже. Это местоимение в косвенных падежах имело формы в единственном числе для мужского и среднего рода его, ему, имь (> им), емь (> ем), а для женского – еѣ (> ее), еи (> ей), ею, еи (> ей); во множественном числе для всех родов ихъ, имъ, ими, ихъ. Еще в праславянский период в им. пад. вместо форм и, я, е укрепились формы другого указательного местоимения – онъ, она, όно (это местоимение сохранилось теперь как форма устаревшего полного прилагательного оный, оная, оное, ср. выражение в оно время — «когда-то, давно»), в косвенных же падежах сохранились старые формы. Так и возник тот супплетивизм форм местоимения 3-го лица, который характерен и для современного русского языка.

В данном предложении запятая между союзами "но" и "когда" ставится потому, что здесь имеется сочетание сочинительного союза "но" с подчинительным союзом "когда".  Внутри второй части предложения "Он продолжал путь, но... неожиданно шина свистнула и осела" находится придаточное времени "когда оставалось всего двенадцать верст". Запятая разделяет главное и придаточное предложения. 

Такое употребление не является ошибкой. В сложных предложениях с придаточными изъяснительными местоимение в главной части может опускаться (Хочу отметить, что он не прав. Рассказал, как собирал грибы), а может оставаться на своем законном месте (Хочу отметить то, что он не прав. Рассказал о том, как собирал грибы).

Правила Вы найдете здесь.

Это вводное слово.

Да, обороты с предлогом кроме обычно обособляются. Но окончательное решение – за автором текста.

Оборот каких мало обычно обособляется. Указанная запятая нужна.

Запятая нужна: Оттолкнув меня, он взял трубку. Отделяется запятой деепричастный оборот.

Ошибки нет.

Предпочтительно: большой документ, объемный документ.