Правильно: Руководителям или лицам, назначенным исполняющим их обязанности и назначенным в установленном порядке соответствующим приказом, в срок до 30 сентября 2024 г. ....

Да, это написание корректно.
 

Действительно, оборот с производным предлогом согласно может быть обособлен. Обособление предполагает выделение оборота с двух сторон, следовательно, вторая запятая нужна. 

Верно: когда выбор в установленном порядке и установленные сроки должник не сделал; в порядке и сроки, которые были установлены законодательством. Причастие должно согласоваться в падеже с определяемым словом. Поскольку определяемые слова стоят в разных падежах, причастие приходится либо повторять, либо заменять придаточным предложением.

Поскольку причастный оборот размещенного в здании относится к слову производства (а не процесса), то есть стоит перед определяемым словом, оборот не обособляется. Поэтому указанная запятая не нужна.

Верно: в соответствии с установленным порядком (=в установленном порядке).

Лучше так: В целях подготовки необходимых документов Ваше заявление в установленном порядке направлено в соответствующее подразделение.

Да, необходимо выделить.

Оборот с предлогом в соответствии стоит в середине предложения и достаточно распространен, поэтому его лучше выделять запятыми. Однако предложение построено так, что без дополнительных пояснений неясно, к какой именно части относится этот оборот (то есть в соответствии с п. 4 проводилась оценка или будет оформлен прием-передача). К сожалению, с помощью запятых эту ситуацию не исправить. Мы рекомендуем перестроить предложение.

1. Согласованный и подписанный Сторонами в установленном порядке акт сдачи-приемки оказанных Услуг является документом, подтверждающим принятие Государственным заказчиком от Исполнителя исполнения обязательств по Договору, и основанием для оплаты Услуг на условиях, предусмотренных Договором.

2. Пеня начисляется за каждый день просрочки исполнения Исполнителем обязательства, предусмотренного настоящим Договором, начиная со дня, следующего после дня истечения установленного настоящим Договором срока исполнения обязательства, и устанавливается настоящим Договором в размере одной трехсотой действующей на дату уплаты пени ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации от цены настоящего Договора, уменьшенной на сумму, пропорциональную объему обязательств, предусмотренных настоящим Договором и фактически исполненных Исполнителем.