Запятая после саду не нужна. В остальном пунктуация верная.

1. Возможны варианты: сфотографироваться с Йошкиным котом и сфотографироваться у Йошкина кота. 

2. Сдавать экзамен не на оценку, а на зачет. Обратите внимание: вероятно, фраза некорректна, так как в современных вузах существуют три традиционные формы итоговой аттестации по предмету: экзамен (по его итогам выставляется отметка), зачет (результат – либо зачет, либо незачет) и дифференцированный зачет (выставляется либо незачет, либо зачет с отметкой).

1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».

2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».

Наречие анфас означает 'лицом к смотрящему', напр.: сфотографироваться анфас, кто-либо изображен анфас. Но в разговорной речи употребляется и сочетание в анфас. В «Большом академическом словаре русского языка» (Т. 1. М.; СПб., 2004) это сочетание зафиксировано, приведен пример из художественной литературы: В профиль она вообще некрасива, на нее надо смотреть в анфас. Е. Чириков, Молодецкий курган. Так что в разговорной речи допустимо: он смотрел на нее в анфас.

Оба варианта возможны.