Это слово пока не зафиксировано нормативными словарями русского языка, но можно рекомендовать писать его слитно: фудмаркет, ср.: супермаркет, гипермаркет, минимаркет. В последнем случае закрепилось слитное написание — даже несмотря на то, что обычно первая часть сложных слов мини-... присоединяется дефисом. Видимо, причина в том, что маркет не употребляется в русском языке как самостоятельное существительное. Ср. зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, слова фуд-шоу, фуд-фотограф, фуд-сервис, но фудшеринг (слово шеринг тоже не используется самостоятельно).

Запятая перед тире нужна, но по правилам в этом предложении следует поставить не тире, а двоеточие: Профильный юрист лучше, чем юридический супермаркет: для защиты товарного знака нужен юрист по интеллектуальному праву или патентный поверенный.

На наш взгляд, лучше написать: в формате супермаркета, в формате гипермаркета.