Написание с прописной нарицательных существительных, используемых не в своем обычном значении, потерявших свое прямое значение, регламентировано для имен людей (Ричард Львиное Сердце) и составных географических названий (Кузнецкий Мост, Ясная Поляна). Написание Волшебная Печенька соответствовало бы правилу, если бы это сочетание было прозвищем или географическим названием, например: деревня Волшебная Печенька. 

Название сети магазинов орфографически правильно было бы писать «Волшебная печенька» (независимо от ассортимента их товаров), но при этом приходилось бы учитывать, в каком виде зарегистрировано название торговой марки, и сохранять это написание в официальных документах.

Корректная пунктуация: Соблюдайте "правило трех": цвет подушки должен повториться минимум в трех вещах, которые есть в комнате, например ковриках, занавесках, обоях либо предметах вроде ваз, пледов и ламп.

Запятая не нужна, т. к. одиночный союз и соединяет однородные придаточные части сложноподчиненного предложения.

То ли - составной союз, образованный из местоимения то (тот) и частицы ли. Частица ли всегда пишется раздельно с предшествующим словом.