Оба варианта возможны, а выбор одного из них зависит от контекста и традиций оформления, принятых, в частности, в организации. Вариант Награждается Иван Иванов предпочтителен, поскольку адресован конкретному лицу. Официальный вариант Иванов Иван используется в документах и прочих деловых бумагах, поскольку в них именно фамилия человека есть самое важное звено в его имени. 

Да, при перечислении предметов необходимо ставить запятые. 

Показатель возвратности -ся в русском языке имеет, помимо упомянутого Вами рефлексивного употребления (в предложениях типа Кот умывается), еще ряд употреблений, например пассивное, как в предложениях Дом строится или Победитель награждается. Среди других употреблений -ся — взаимное (Влюбленные целуются), рефлексивно-бенефактивное (Запасся дровами), объектно-имперсональное (Собака кусается) и некоторые другие (подробно об этом см., например, ресурс «Русграм»).

Предпочтительнее такая конструкция: награждается Иванов Иван, ученик 5 класса «А» МАОУ СОШ № 40. 

Да, в этом случае запятая после имени собственного ставится.

Возможно: место в соревнованиях "Кубок данной местности", место НА кубке.

Герою Социалистического Труда посвящен турнир, поэтому верно:  ...городском турнире по боксу, посвященном...

Такая формулировка некорректна. Возможно: благодарность объявляется кому-либо.

В целом формулировка корректна, но название праздника не нужно заключать в кавычки: ...и в связи с профессиональным праздником – Днем работника химической промышленности.

Верно: Награждается ученица 4 класса "Ж" Савельева Елизавета, занявшая 1-е место в школьной олимпиаде.