Если у одного директора несколько советников, то правильно: советник директора. Несколько советников одного директора так и именуются: советники директора. Если один советник должен сотрудничать с несколькими директорами, то правильно: советник директоров. Если таких советников много, то их следует так и назвать: советники директоров. Выражение в форме множественного числа может использоваться и в случае, когда речь идет о советниках одного директора, но каждый из них сотрудничает с каким-то своим директором.

Слово бонусирование встречается в профессиональной речи. Нельзя сказать, что он вошло в литературный язык, поэтому мы не рекомендуем использовать это существительное в официалных документах.

Если смысловой акцент падает на слова исходя из условий сделки (и они входят в состав сказуемого), запятая перед исходя не нужна.

Если акцент падает на слова советом директоров общества, то запятая перед исходя нужна.

Следует писать директора магазинов, иначе можно понять, что у одного магазина несколько директоров.

Выбор буквы зависит от того, как функционируют эти организации, насколько можно о них говорить как о самостоятельных организациях или как о частях организаций. Дело в том, что названия частей и отделов учреждений, организаций, а также слова типа президиум, ученый совет, совет директоров, правление и др. пишутся строчными (совет директоров ОАО «РЖД»). Если организации, о названиях которых Вы спрашиваете, обладают всё же самостоятельностью, пусть и находясь в структуре СО РАН, СПР России (т. е. они ближе к официальным названиям общественных  организаций, чем к названиям частей учреждений), то корректно написание с прописной: Совет молодых ученых СО РАН, Совет молодых литераторов Союза писателей России.