В то время, когда существовал этот орган, в его наименовании все слова писались с прописной: Совет Народных Комиссаров. Но сейчас нормативно: Совет народных комиссаров. Поэтому, если речь идет, например, о современной книге по истории СССР, корректно придерживаться современного написания, если нужна имитация орфографии тех лет, – исторического написания.

Слово декрет пишется с прописной только как первое слово официального названия документа, напр.: Декрет о мире, Декрет о земле.

Запятая не ставится (части сложносочиненного предложения объединены вопросительной структурой).

Правильно: Три сотрудницы ушли в декрет. Собирательные числительные (двое, трое, четверо...) в литературном языке не употребляются со словами, называющими лиц женского пола.