Ответы справочной службы
Запятая в данном случае факультативна. Ее отсутствие будет означать, что прилагательное глухой употреблено здесь в значении 'густо, сплошь заросший', тогда как постановка запятой укажет на однородность определений глухой и загадочный (темный, непроницаемый, отчего кажется загадочным).
В этих случаях причастный оборот стоит после определения-прилагательного и перед определяемым словом (т. е. разрывает непосредственную связь прилагательного и существительного): В старом, стоящем на холме доме гулял ветер; На нее смотрели темные, горящие ненавистью глаза. См. параграф 38 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Наиболее подробно вопрос сочетания парного тире, выделяющего вставку, с другими знаками препинания, освещен в примечании 4 к параграфу 26.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя. Примеров, аналогичных Вашему, там не приведено. Исходя из того, что «перед первым тире ставится запятая, если этого требует структура первой части основного предложения», а в данном случае структура того не требует (нет оборотов, которые нужно закрыть), можно рекомендовать не ставить запятую в этой позиции.
Верно: Однажды маленький мальчик гулял утром по лесу и думал, что ему делать.
Запятая нужна. Она разделяет части сложноподчиненного предложения.
Справочники
СУДЯ ПО ТОМУ, ЧТО, союз Придаточные предложения, присоединяемые союзом «судя по тому, что», выделяются (или отделяются) запятыми. При этом запятая ставится и перед союзом (перед словом «судя»), и между его частями (перед словом «что»). Земля должна была находиться близко, судя по тому, что лот, который до сих пор в море Бофора показывал неизменно глубины пятьсот – семьсот морских сажен, теперь встретил дно уже на восьмидесяти саженях. В.
...Важно то, что вот уже с год он гулял по нашему городу...
Журнал
«Грамота.ру» продолжает публикацию материалов из архива журнала «Русский язык в школе». Предлагаем вашему вниманию ответы редакции журнала на вопросы учителей русского языка. Эти ответы были опубликованы почти 80 лет назад, в № 4 за 1937 год, но будут интересны и современному читателю. В тексте сохранены особенности орфографии и пунктуации тех лет.
...«Грамота.ру» продолжает публикацию материалов...
...дополнение), ребенок пяти лет (определение) гулял...