Ошибка состоит в том, что в первом предложении употреблены глаголы разных видов: совершенного (сделать), который указывает на завершенность действия, и несовершенного (страдают), который указывает на продолжаемость действия.
Лучше: Парадигма силы как основа реализма классического и неореализма становится решающим фактором.
Дефис в данном случае невозможен, так как приложением является двусловное наименование (Modbus Slave). Корректно: устройство Modbus Slave.
В данном случае корректно использовать прописную букву: «Оказывается, не всё так безоблачно в этом Датском королевстве», — подумал Роман.
Задавая подобные вопросы, нужно приводить точную цитату с полной библиографической ссылкой на источник. Мы не видим оснований считать первый вариант двусоставным предложением. Но искать неизвестно где это место у Розенталя, чтобы понять логику его рассуждений, у нас возможности нет.
Да, слова статья, приложение и т. д., обозначающие части документа, пишутся со строчной буквы.
Запятая нужна. Она разделяет части сложноподчиненного предложения, в котором что и как — союзные слова: ...зависит от того, что и как ты делаешь.