Сочетание в скобках ставится в ту же форму, что и сочетание в основной части предложения: выпускную квалификационную работу (дипломную работу). Чтобы избежать повторения слова, рекомендуется отредактировать фрагмент: выпускную квалификационную (дипломную) работу.