Существительное низменность образовалось от прилагательного низменный, от которого и было унаследовано две н. Написание нн в прилагательном можно объяснить двумя способами. Исторически низменный образовалось с помощью суффикса -енн- от вышедшего из употребления существительного низмя.  Современное правило, под которое подпадает слово низменный, таково: двойное н пишется в прилагательных с беглым е между нн, напр.: беспрестанный (беспрестанен), благоуханный (-нен), блаженный (-жен и -женен), искренний (-нен).

Сейчас слово можно разобрать так: низ/менн/ость/. Откуда появилось м, этимологические словари не дают ответа. В словаре В. Даля зафиксировано еще одно однокоренное слово с м – низмянка «низкорослый лесок по дурной почве; кустарный дрянной лес» и растение. 

Если нам удастся выяснить происхождение загадочного м, ответ будет дополнен. Спасибо за интересный вопрос.