Правилен второй вариант. 

Общепринятые сокращения слова железнодорожный – ж.-д. и ж/д, поэтому оба варианта, которые Вы привели, верны.

В середине – сочетание предлога с существительным. Правильно: в середине его. Обратите внимание на правильное написание имени собственного: Сихотэ-Алинь.

Тоннель и туннель – равноправные орфографические варианты (т. е. это не разные слова, а разные варианты написания одного слова). В любом контексте возможно употребление любого из этих вариантов.

Наличие орфографических вариантов связано с историей слова: оно пришло к нам из английского языка, в котором словом tunnel был назван проход под Темзой, построенный французским инженером Брюнелем. В свою очередь английское tunnel, которое буквально означало 'дымоходная труба', восходит к французскому tonnelle – уменьш. от tonne 'бочка' (отсюда же, кстати, и слово тонна). В XVI веке слово tonnelle уже встречается во французских текстах в значении 'труба' (в частности, 'подземная труба'), развившимся, по-видимому, из значения 'бочка (лежащая на боку) без дна'.

В русском языке слово туннель (тоннель)  известно с середины XIX века, при этом различное написание уже тогда фиксировалось словарями.

Варианты тоннель и туннель полностью равноправны. Выбор за Вами.

Да, тоннель и туннель – тоже равноправные орфографические варианты.