Корректно со строчной: представители городской власти и церкви. 

Род буквенной инициальной аббревиатуры (читаемой по названиям букв) зависит от опорного слова в расшифровке аббревиатуры: МГУ (университет) принял новых студентов; ЕСПЧ (суд) высказался; СНГ (содружество) выступило с инициативой; РПЦ (церковь) призвала к прекращению кровопролития.

Поэтому корректно: НПК <название> (АО) приняла решение; ЗАО "ОЭЗ <название>" приняло решение..

Запрета на употребление аббревиатуры нет, но такой запрет может быть принят конкретными редакциями. В целом аббревиатуры ассоциируются со светскими учреждениями, поэтому сокращение РПЦ может восприниматься как наименование, не подходящее для религиозной организации.

1. Запятые не нужны.

2. Верно: в образовательном пространстве.

3. Два вопроса, касающиеся...

Название буквы с – [эс]. Если в состав инициальной аббревиатуры входят только буквы, обозначающие согласные звуки, то такая аббревиатура обычно читается по названиям составляющих ее букв, ср.: СССР [эс-эс-эс-эр], НТВ [эн-тэ-вэ], РПЦ [эр-пэ-цэ].

Правда, при произношении ряда аббревиатур используются разговорные названия букв: [нэ] вместо [эн], [сэ] вместо [эc], [фэ] вместо [эф] и т. д., например: США [сэ-шэ-а], ФБР [фэ-бэ-эр]. Однако на это влияет многолетняя традиция употребления таких аббревиатур и их широкая распространенность. Вряд ли ПСГ можно отнести к аббревиатурам такого типа. Поэтому более правильным представляется произношение [пэ-эс-гэ].

По рекомендации орфографического словаря: диакониса. По аналогии: канониса.

См. в разделе Словари.