Ответы справочной службы
Корректно: Частицы, из которых состоят атомы различных веществ, — электрон, протон и нейтрон — назвали элементарными.
Ваш вариант расстановки знаков препинания в предложении с пропущенным определяемым словом корректен.
Раздельное написание частицы НЕ - поскольку зависимое слово подразумевается (пропущено).
Корректно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная лаборатория "Протон"» заключило договор.
Журнал
Каждый, кто пишет в газете или популярном журнале о науке, знает, какие мучения вызывает «ввод» научного термина. Часто это слово не знакомо широкому читателю, непонятно даже из контекста и, как правило, воспринимается как «некрасивое» для русского уха и глаза. Сейчас привычные языковые стили меняются, приобретая новые черты. Что представляет собой новый язык науки? Каким становится главное научное слово — термин?
...Каждый, кто пишет в газете или популярном журнале о...
...Но вот ученые предположили, что протон и нейтрон, в...