У приставки сверх- в современном русском языке имеется несколько значений, как регулярных и продуктивных (например, с ее помощью образуются прилагательные со значением признака, который характеризуется высшей степенью проявления качества: сверхмощный, сверхобычный), так и нерегулярных (например, она выделяется в словах сверхъестественный, сверхчеловеческий, имеющих значение признака, который характеризуется превышением предела или меры, а также осуществлением вне пределов того, что названо мотивирующим именем существительным). Можем осторожно предположить, что термин сверхъестественное появился в русском языке в результате калькирования латинского Supranaturalismus (от лат. supra — «сверх», и naturalis — «природный», «естественный»). 

Корректно употребление формы мн. ч.

После вопросительного знака не нужна точка с запятой: Они задавались вопросами: откуда произошел природный мир? почему он красив и гармоничен? какое первоначало лежит в основании... ?

Написание зависит от того, относится ли отрицание не ко всему сочетанию (тогда надо писать раздельно) или только к прилагательному (тогда слитное написание корректно). Ср.: это не нефтегазовый регион, а природный заповедник и правила одинаковы для всех регионов – нефтегазовых и ненефтегазовых.

1. Если конструкция как средообразующий и природный фактор, а также как восполняемый источник ресурсов для развития экономики республики имеет значение причины, то обособление необходимо. При отсутствии такого значения запятые не ставятся. 

2. Корректно: Государственная политика в области развития минерально-сырьевой базы направлена на повышение инвестиционной привлекательности данной сферы, прежде всего за счет снижения административных барьеров для организаций горнопромышленного комплекса.