настоятель, -я
отец настоятель, отца настоятеля
Ответы справочной службы
Здесь действительно нужно поставить закрывающую запятую, только не после причастного оборота, а после определительного придаточного с союзным словом который. Для оптимизации пунктуационного оформления высказывания рекомендуем заключить вставную конструкцию в скобки, а не в двойные тире: ...монастырь, на настоятеля которого он возлагал столько надежд (и небезосновательно, отнюдь не безосновательно!), разграблен и сожжён викингами, настоятель убит.
Настоятель и иерей — неоднородные приложения к имени (должность и степень священства соответственно); обособление какого-либо из этих компонентов не требуется: Настоятель храма Ильи Пророка иерей Константин Воронов принял участие в торжественном событии.
Между однородными членами во всех случаях нужно поставить запятую.
Справочники
Когда использовалась прописная буква? В русской гражданской печати XIX – начала XX века многие слова, связанные с церковной тематикой, начинались прописной буквой. Яков Карлович Грот (Русское правописание, СПб., 1885) указывает, что с большой буквы пишутся «имена трех лиц Божества и высших существ, составляющих предмет религиозного почитания христиан: Бог, Господь, Творец, Всевышний, Спаситель, Богородица, Святой Дух, Св. Троица и т. п.; также ...
...Слова, именующие духовенство, кроме слова Патриарх: настоятель...