1. Корректно: Кофе, заваренный альтернативными методами (вариант „альтернативный“ кофе, несомненно, относится к разговорным). 2. Это наименование пока что не зафиксировано нормативными словарями, поэтому ни один из вариантов написания нельзя считать ошибочным. 3. Ответ на этот вопрос стоит поискать в специальных терминологических стандартах. С точки зрения обычая употребления кофейным напитком называют заменитель кофе — продукт, созданный на основе злаковых культур.

Словарной фиксации у этого наименования пока нет, однако орфографическим тенденциям соответствует дефисное написание.

См. правило:

Несогласованные определения, выраженные формами косвенных падежей существительных (чаще с предлогами), обособляются для выделения какого-либо признака или для усиления выражаемого ими значения: Холоп, в блестящем убранстве, с откидными назад рукавами, разносил тут же разные напитки и съестное (Г.); Офицеры, в новых сюртуках, белых перчатках и блестящих эполетах, щеголяли по улицам и бульвару (Л. Т.); Плескалось и шуршало море, всё в белых кружевах стружек (М. Г.); В белом галстуке, в щегольском пальто нараспашку, с вереницей звёздочек и крестиков на золотой цепочке в петле фрака, генерал возвращался с обеда, один (Т.); У многих русских рек, наподобие Волги, один берег горный, другой луговой (Т.).

Обычно обособляются несогласованные определения, дополняющие или уточняющие представление о лице либо предмете, который сам по себе (без определения) достаточно конкретен, уже известен. 

В приведенном Вам предложении обособление несогласованного определения с загнутым на спину хвостом отнюдь не обязательно. Пунктуационное выделение придает ему смысл дополнительного сообщения: По наружности это — обыкновенная дворняга, но (при этом) с загнутым на спину хвостом...

До появления китайского чая на Руси напитки, приготовленные из заваренных трав, назывались настоями или отварами. 

Уместность кавычек нужно определять в контексте. Без учета контекста можно лишь заметить, что зеленым змием принято называть спиртные напитки, водку; такое употребление закреплено словарями и не требует постановки кавычек. 

Запятая ставится.

В данном случае "вОды" - корректно (в знач. "напитки").

Указанная запятая не нужна, поскольку однородные придаточные предложения соединяются союзом и.

Ошибка есть. Неправильно выбрана форма для глагола утолять. Корректно: напитки... утоляют.

Оба варианта правильны. Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под ред. С. А. Кузнецова, у слова питье два значения: 1) действие по глаголу пить (питье воды) и 2) то, что пьют; напиток.