Оба имени собственных есть в русском языке. Молдова, Республика Молдова — официальное название государства, Молдавия — общеупотребительный вариант за пределами официальной речи. Но нет совершенно никакого запрета использовать в неофициальной речи и вариант Молдова.

В русском языке давно существует целая группа слов, однокоренных со словом Молдавия: молавский, молдаване, молдаванка, молдаванский (к Молдавия и молдаване), по-молдавски, молдавско-российский и др. В нескольких из них ударение падает на гласный а. Появление нового названия Молдова не должно менять исторически и системно мотивированных норм произношения и написания.  

Официальные названия государств могут свободно использоваться в СМИ, как в новостных, так и публицистических текстах. Выбор варианта в этом случае остается за автором текста и редакторами.