микроорганизмы, -ов, ед. -изм, -а
микроорганизмы
ед. ми`крооргани́зм, м. [< микро… + организм]. Общее название всех мельчайших организмов растительного и животного происхождения, видимых лишь в микроскоп.
Ответы справочной службы
Микроорганизм — неодушевленное существительное, поэтмоу верно: устранять вредоносные микроорганизмы.