диффундировать, -рую, -рует
ДИФФУНДИРОВАТЬ, диффундирую, диффундирует \\ ди[ф]ундировать; диффу[н’]дировать; в формах с сочетанием ющ: диффундирующий... – диффундиру[йу]щий и допуст. диффундиру[и]щий; в формах с сочетанием нн: диффундированный... – диффундирова[н]ый.
Ответы справочной службы
Несоответствие связано с происхождением слов. Диффузия восходит к латинскому diffusio и попало в русский язык через посредство немецкого (Diffusion) и/или французского (diffusion). Родственный глагол диффундировать (он означает 'проникать, смешиваться путем диффузии; самопроизвольно распространяться во все стороны') также заимствовано из латыни (diffundere) через немецкий (diffundieren).