Без более широкого контекста ответить на Ваш вопрос, увы, невозможно. 

Корректно: Согласно указанию начальника хозяйственно-эксплуатационного управления Центрального банка РФ служба эксплуатации энергооборудования дирекции по обслуживанию и эксплуатации комплекса зданий № 3 направляет внеплановую заявку на проведение работ хозяйственным способом.

При этом остается неясным, что означает фраза проведение работ хозяйственным способом, и существует ли в действительности  дирекция по обслуживанию и эксплуатации комплекса зданий № 3. 

Запятая не нужна, так как граница оборота с непервообразным предлогом (в целях) определяется однозначно и при отсутствии знака препинания. Подробнее см. «Справочнике по пунктуации». 

Словарной фиксации нет, однако ударение на втором слоге кажется логичным (на той же гласной, что и в словах директор, дирекция).

Лучше так: Октябрьская дирекция инфраструктуры заняла в сетевом рейтинге обеспечения безопасности движения по итогам III квартала 6-е место из 16. При этом её служба пути сумела выйти на 3-е место, вагонная служба оказалась на 8-м, служба сигнализации, централизации и блокировки – на 13-м, а дирекция путевых машин (ДПМ) – на 14-м.

Правильно: Государственное казенное учреждение «Дирекция по строительству...». Название в кавычках не склоняется: в Государственном казенном учреждении «Дирекция по строительству...».

Кавычки нужны.

Лучше: дирекция по обеспечению.

Правильно: ГКУ «Дирекция...» рассмотрело и ГКУ «Дирекция...» рассмотрено.

Все слова в этом сочетании пишутся строчными буквами.