Нужно отделить с помощью тире присоединительную конструкцию в конце предложения, а внутри нее поставить запятую перед второй частью союза как... так и...: На основаниии вышеизложенного прошу Вас рассмотреть возможность реализации совместных проектов — как текущих, так и перспективных.

В обоих случаях содержание вопроса (вопросов) представлено в придаточном изъяснительном предложении, связанном с главной частью союзом-частицей ли. Такой вопрос называется косвенным и не требует вопросительных знаков в конце предложения. Косвенные вопросы могут быть связаны с главной частью не только союзом-частицей ли, но и союзным словом, сравним: Остаётся непонятным, как это случилось; Возникает вопрос, кто это сделал.

Отметим, однако, что примеры всё же несколько разные. Во втором из них вопрос всего один и придаточное зависит от сказуемого остается непонятным, так что допускается только один вариант оформления — тот, который приведен в ответе.

В первом же примере вопросы относительно самостоятельны и им предшествует обобщающее слово следующие (сравним вариант без этого слова и с более тесной связью между придаточными: ...возникают вопросы, допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда и не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда), поэтому, кроме приведенного в ответе варианта, возможно и оформление прямых (уже не косвенных) вопросов в виде нумерованного списка:

...возникают следующие вопросы:
1. Допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда?
2. Не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда?

Корректно: 

В результате анализа вышеизложенного / вышеизложенного анализа возникают следующие вопросы:

— допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда;

— не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда. 

Такое выражение должно писаться раздельно: из выше прочитанного. Однако у нас вызывает сомнения сама возможность такой лексической сочетаемости: прочитанное выше. 

Обособление оборота с производным (непервообразным) предлогом с учетом факультативно.

Да, знаки препинания расставлены верно.
 

Запятые не нужны.

Запятая не ставится. Возможно: в целях обеспечения (повышения) эффективности...

Постановка запятой не требуется.

Следует обратиться за разъяснениями к составителям документа.