Словари
Ответы справочной службы
Сочетание подведомственные Минобрнауки РФ обособлено потому, что это определительный оборот (прилагательное подведомственный с зависимыми словами Минобрнауки РФ), стоящий после определяемого слова вузы.
Обороты со словом кроме имеют два значения — включения (‘вдобавок к чему-либо’) и исключения (‘исключая что-либо’). В «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина сказано: «В настоящее время различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. Однако в прошлом обороты со значением включения знаками препинания не выделялись». В «Справочнике по пунктуации» В. М. Пахомова, В. В. Свинцова, И. В. Филатова сказано, что обособление оборотов со словом кроме, имеющих значение включения, факультативно.
Знаки препинания расставлены верно. Другое дело, что лучше было бы взять обособленное приложение в парное тире, чтобы отграничить обособление приложения и выделение запятыми вводного предложения как ее называли в доме.
Перед нами простое предложение, осложненное обособленным приложением и вводной конструкцией.
Что же касается придаточных частей, то многие из них могут оказаться внутри чего угодно. Например: Дедушка, заслуженный строитель, приехавший в наш город, когда он еще только строился, и многое сделавший для его становления, хотя кое-кто и пытался ему помешать, обычно очень внимательно слушал сообщения о новых стройках.
В обоих ваших примерах имя собственное следует выделять запятыми.
Справочники
§ 78. Обороты со значением включения, исключения и замещения, называющие предметы, включенные в ряд однородных членов или, наоборот, исключенные из него, или предметы, замещающие другие, выделяются или не выделяются запятыми по условиям контекста. Такие обороты включают предлоги и предложные сочетания кроме, наряду с, помимо, (не) исключая, за исключением, включая, сверх, вместо и др. Обособление обязательно при следующих условиях: расположение в абсолютном начале предложения;
...пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение...
...запятыми....
§ 61. Распространенные приложения, стоящие после определяемого слова — существительного или местоимения, а также отделенные от них другими членами предложения или относящиеся к отсутствующему члену предложения, обособляются запятыми: Володя, семнадцатилетний юноша, некрасивый, болезненный и робкий, сидел в беседке (Ч.); Вспомнилась маленькая девочка, племянница Спирьки (Шукш.); В «Последнем сроке» от нас вот так ушла старуха Анна, в «Прощании с Матёрой»
...В последних двух случаях (пп. 4, 5) возможно и выделение...
...запятыми....
