Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)

Вопрос интересный. Всесторонне аргументированный и четкий ответ на него требует наблюдений над обширным текстовым материалом. Пока же отметим, что в лексическом составе и в грамматической структуре «следующей фразы» в приведенном Вами примере нет ничего, что однозначно указывало бы на определенную интонацию, а следовательно, эта интонация может быть разной, что отражается в разных знаках конца предложения.  

В предложении, приведенном в вопросе, запятая перед союзом и поставлена для того, чтобы закрыть причастный оборот связанной с развитием сотрудничества. Если бы причастного оборота не было, то запятые в этом предложении были бы не нужны: Внести изменения в Правила осуществления деятельности и в Положение о регулировании такой деятельности.

Мужскую фамилию Андрушойть нужно склонять, женская фамилия несклоняема. Аргумент простой: все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, склоняются, это закон русской грамматики (единственное исключение – фамилии типа Черных, Долгих).

Все аргументы здесь: 

Сочетание "Где ты есть?" в принципе возможно, однако достаточно: Где ты?

Верен первый вариант.

См. ответ 282774.

Правильно: дается 12 астрономических часов. В подобных сочетаниях главное слово — числительное, оно требует, чтобы зависимое существительное стояло в форме родительного падежа множественного числа: двенадцать (чего?) часов.

Форма единственного числа родительного падежа часа требуется, если главное слово — это числительное два, три или четыре: дается два астрономических часа.

Определить поможем, а письменный анализ – это уже Ваше задание. В этом предложении ошибка в употреблении деепричастного оборота: деепричастие должно указывать на действие того предмета (лица), который назван подлежащим, причем этот предмет (лицо) должен быть субъектом двух действий — названного в сказуемом и в деепричастии. Если эти требования не соблюдаются, получаются неправильные предложения.