Запятая между двумя союзами не ставится, поскольку нельзя изъять придаточное предложение из состава сложного предложения.

Разные справочники дают разные рекомендации (подробнее см. в "Письмовнике"). На практике названия городов из двух слов, если они следуют после родового слова город, чаще не склоняют.

Требуется тире: По сообщениям, над районным центром — городом Нижний Ломов и прилегающей к нему сельской местностью ожидается гроза.

Что касается склонения названия, то справочники дают разные рекомендации. На практики названия из двух слов при употреблении с родовым словом город чаще не склоняются.

Найти ответ на этот вопрос Вам поможет словарь И. Л. Городецкой, Е. А. Левашова «Русские названия жителей» (М., 2003).

Сложносоставные термины, особенно иноязычные, на практике имеют тенденцию к слитному написанию. Дефисное написание ряда слов может быть связано с традицией или логическими отношениями подчинения (конечно, приведенный Вами пример подчинительного сочетания "задний низ" комичен). 

По аналогии со словами нижнерейнский (от Нижний Рейн), нижневолжский (от Нижняя Волга) рекомендуем слитное написание: нижнекуранахская, нижнебестяхский.

В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л, К. Чельцовой дана такая рекомендация: названия участков течения рек и плесов пишутся со строчной, если они не входят в состав сложных собственных названий. Например: верхняя Припять, нижняя Березина, средний плес Волги. Но: Верхняя Тура (название города), Нижняя Тунгуска (название реки). Поэтому правильно: верхний Амур, средний Амур, нижний Амур.

В случаях, когда каждый абзац перечня нумеруется цифрой с точкой, текст после цифры пишется с большой буквы (то есть Г. Нижний Новгород). В конце каждого пункта также ставится точка.

Корректно: А потом, не сговариваясь, оба поехали поступать в медицинский институт в Нижний Новгород.

Названия следует склонять. Подробно читайте в «Письмовнике».