Слово епископ пишется со строчной буквы: В 1314 году Прохор, епископ Ростовский и Ярославский, возвращаясь из Кирилло-Белозерского монастыря в Ярославль, остановился на ночлег на берегу Волги.

Недостает запятой перед словом только, которое стоит перед подчинительным союзом когда. Если в сложноподчиненном предложении перед простым подчинительным союзом стоят усилительно-ограничительные слова (частицы, союзы или их сочетания, вводные слова) особенно, даже, в частности, в том числе, в особенности, а именно, а также, а (но ) только, как раз, лишь, исключительно, только и др., то запятая ставится перед ними, а не перед союзом, например: Неповторим Ярославль, ни с каким городом не спутаешь его,  особенно когда  увидишь город с Волги (М. Рапов); Хорошо отдохнуть летом в деревне, в частности если год урожайный на грибы, ягоды; Он приехал вовремя, как раз когда  должны были начаться занятия; Перед ними предстал овраг, лишь когда  рассеялся туман; Он приехал в Москву, исключительно чтобы попасть в Большой театр.

В современном русском языке от названия Ярославль образуется только прилагательное ярославский. Так сложилось исторически.

Если предложение продолжается, запятая нужна.

В большинстве случаев лучше написать: в Ярославле. В канцелярской речи часто встречается: в городе Ярославле.

Между названиями городов ставится тире: Вологда – Ярославль – Переславль-Залесский.

Мы уже отвечали на этот вопрос, обратитесь к архиву Справочного бюро.

Исторически это притяжательные прилагательные.

Обязательно тире с пробелами: ралли Дакар – Париж, по маршруту Москва – Ярославль – Вологда – Петрозаводск. Дефис – орфографический знак, он соединяет части сложного слова; при написании через дефис получается, что Дакар-Париж – один город (как Нью-Йорк). А тире – пунктуационный знак, тире соединяет разные слова.

1. О рисунке кавычек читайте в "Письмовнике" на нашем портале.

2. Корректно: инфраструктура Москвы, Ярославля, Петрозаводска. Допустимо в канцелярской речи: ...города Москвы, города Ярославля и т. д.