Корректно (в разговорной речи): экскурсия на природу. Но: экскурсия в лес, в парк.
Тире употребляется в сочетаниях с приложением, если одна из частей в свою очередь является сочетанием с приложением и содержит дефис. Правильно: экскурсия — мастер-класс.
Корректно: студентка вуза (см. статью в орфографическом словаре), экскурсия по Томску (об употреблении слова город перед названием можно прочитать в «Письмовнике»).
Верен первый вариант, см. «Письмовник».
Оба варианта верны.
Москва-сити может склоняться и не склоняться.
Второй вариант лучше.