Запятая нужна.
Да, слова кроме того обособляются.
Правильно: не делает того, что хочет. Подробные рекомендации по выбору падежа при отрицании см. в «Письмовнике».
Верно: просить прощения.
Предпочтительно: чего хочет, чего хочешь.
Боидит – обидит? Верно: любит того, кто не обидит никого.