В значении 'находиться в рабочем состоянии' по отношению к часам используются оба глагола: идти и ходить. Поэтому оба сочетания возможны. Есть небольшой нюанс: глагол ходить обычно используется, если речь идет о приспособлениях и механизмах, основанных на движении вперёд — назад или вверх — вниз. Поэтому сказать о настенных часах с маятником часы перестали ходить более естественно, чем, например, об электронных часах, встроенных в какой-либо прибор.
Форма сказуемого "стоял" (ед. ч.) не позволяет соотнести его со словом "часы" (мн. ч.), следовательно, члены предложения не являются однородными (соотносятся с разными сказуемыми, причем сказуемое при слове "часы" пропущено). Запятая нужна.
Предпочтителен первый вариант.
Корректно: два академических чáса, три последних чáса.
Корректно: на классном часе (во время классного часа).
