Возможны варианты согласования, однако лексическая сочетаемость (восстановить неповрежденным) под вопросом. Лучше перестроить фразу.
В профессиональном употреблении появились своего рода неизменяемые слова-морфемы, вокруг которых группируются серии составных наименований. Основные из них: альфа- (-активность, волны), блок- (-карта, -сигнал, -форма), вакуум- (-аппарат, -камера, -процесс), дизель- (-генератор, -мотор), пресс- (-инструмент, -накат).
Рот, рта, рту, рот, ртом, во рту (о рте); рты, ртов, ртам, рты, ртами, о ртах.
Статус начальной части противо... неоднозначен. Ее характеризуют как приставку или как первую часть сложных слов, см. ресурс «Проверка слова». А. Н. Тихонов в своем «Словообразовательном словаре русского языка» включил слово противогаз только в гнездо слова газ, определяя способ образования как приставочный.
Правильно: заведующему учебной частью.