Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и степень – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: мы беседовали с заведующим такой-то кафедрой доктором математических наук, профессором Михаилом Ивановым.
Приложения отделяются одиночным тире при наличии ряда стоящих впереди определяемого слова однородных приложений: Издание посвящено научным изысканиям великого художника, ученого и изобретателя, настоящего гения своего времени — Леонардо да Винчи.
Запятая в этом случае обычно ставится.
Заглавная и прописная буква – это одно и то же. Это большая буква. Маленькая буква – строчная.
Сочетания ученый совет, ученый секретарь пишутся строчными.
Да, это однородные приложения. Запятая нужна.
Такое сочетание возможно, но не в предложенном Вами значении.
Большой толковый словарь
Запятая ставится.
Доктор культурологических наук – д. кл. н. (источник: www.sokr.ru). Точки ставятся.
Если слово доплер имеет значение "доплерографический аппарат" или "доплерографическое исследование", то следует писать это слово со строчной буквы.