Корректно: пользоваться будильником на телефоне, скачать музыку на телефон, читать книги на телефоне (или с телефона). Предлоги в и на в русском языке часто конкурируют, но, как правило, предлог в связан с представлением о замкнутом пространстве. Поэтому во многих случаях возможны варианты: на телефоне (как на платформе, с помощью которой совершаются определенные действия, или на экране, на поверхности) и в телефоне (подчеркивается внутреннее устройство, «начинка» аппарата).
Корректно: загрузить еще сообщения.
Например: ...чтобы узнать, кто мне звонил; ...чтобы узнать о пропущенных звонках.
В значении "на экране телефона" (в разговорной речи) - на телефоне.
Корректно: оставить сообщение на автоответчике.
Правильно только звонит во всех значениях и контекстах.
Предпочтительно без предлога, но возможны также контексты, в которых предлог потребуется.
Правильно: сообщением.
