Слово страна здесь совершенно лишнее: столица России. Если по каким-то причинам его всё-таки необходимо употребить, название склоняется: столица страны России.
Оба варианта верны. Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка, Токио может употребляться и как существительное мужского рода, и как существительное среднего рода.
Правильно: столица Тайваня.
В литературном языке названия республик женского рода, оканчивающиеся на -ия, -ея, согласуются со словом республика, т. е. склоняются. Литературная норма: столица Адыгеи, столица Республики Адыгеи. Однако в официально-деловой речи, в документах название часто остается в именительном падеже.
Подобные неофициальные названия пишутся строчными: уральская столица, южная столица, ср. также: янтарная столица, икорная столица и т. д.
Орфографический словарь
Верно: столица штата Джорджия.