Корректно: ОАО «Новосибирский завод»; если речь идет о новосибирском филиале какого-либо ОАО – новосибирский завод ОАО «...».
Правильно: племенной завод «Александровский»; ОАО «Племенной завод "Александровский"».
Возможны варианты: завод «Сигнал», г. Ставрополь; завод «Сигнал» (г. Ставрополь).
Да, при употреблении без родового слова (ОАО) корректно написание без кавычек: Обуховский завод (это не условное наименование, поэтому кавычки не нужны).
Предпочтительнее использовать такое название вместе с родовым наименованием: от завода «Алмаз-Антей», к заводу «Алмаз-Антей».
Согласование по слову общество: ОАО «Завод» не согласно... Ср.: кинотеатр «Победа» открылся (не открылась).